Après avoir été observée au microscope optique, la coupe de peinture est alors étudiée au MEB-EDS. Une image BSE nous permet de différencier les différentes couches de peintures. On procède ensuite à des analyses de chaque des couche et - en association avec l'observation au microscope optique - on peut déterminer exactement la nature du pigment.
Exemple : La crucifixion, Hans Stocker (Musée d'Unterliden - Colmar) - observation des coupes au microscope optique et au microscope électronique à balayage
Couche de cristaux bleus (67 µm) : lapis lazuli, mélangé dans à une matière qui fluoresce en orange sous lumière UV, laque. Cette couche apparaît en tons de gris au MEB, en effet elle est composée d'éléments légers.
Couche très blanche (21µm) : blanc de plomb avec quelques grains rouges d'aluminosilicate et d'oxyde de fer. Le blanc de plomb contraste avec la première couche. En effet, le plomb étant un élément lourd, celui-ci apparaîtra très blanc dans l'image MEB.
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